Computational Genomics Scientist / Bioinformatikerin / Bioinformatiker (d/w/m) - Axelios I / SbX & Spatial Diagnostics

Arbeitszeit

Vollzeit

Dauer der Anstellung

Befristet

Bewerbungsfrist

15.07.2026

Einsatzort Charité

BIH Berlin Mitte; Campus Virchow-Klinikum, Wedding

Kennziffer

7725

Entgeltgruppe

E14

Unternehmensbeschreibung

Das Berlin Institute of Health in der Charité (BIH) widmet sich der biomedizinischen Translation. Seine Mission ist es, Forschungsergebnisse in personalisierte Prävention, Diagnostik und Therapie zu übertragen, um Patientinnen zu helfen und der Wissenschaft hierfür wirkungsvolle Werkzeuge bereitzustellen. Mit rund 750 Mitarbeitenden fokussiert das BIH auf translationale Methodenentwicklung, Präzisionsmedizin, regenerative Therapien und biomedizinische Datenwissenschaften. In enger Einbindung in die Charité ermöglichen exzellente Forschung sowie Plattformen und Programme einen beschleunigten Transfer in die klinische Anwendung. Das BIH formt dabei starke Partnerschaften und fördert innovationsorientierte Medizin national und international.

Das Berlin Institute of Health in der Charité sucht für die Spatial Diagnostics Platform (Leitung: Dr. Dr. René Hägerling und Dr. Oliver Klein) eine hochqualifizierte Persönlichkeit im Bereich Bioinformatik / Computational Genomics zum nächstmöglichen Zeitpunkt befristet bis zum 31.12.2029 in Vollzeit (38,5 Wochenstunden). Die Plattform verbindet 3D-Histopathologie, räumlich geleitete Genomik, Proteomik/Glykomik und KI-gestützte Datenintegration, um neue Wege für Präzisionsdiagnostik, Companion Diagnostics und translationale onkologische Forschung zu entwickeln.

Diese Stelle ist eine besondere Schlüsselposition: Sie bietet die Möglichkeit, eine der ersten universitätsmedizinischen Installationen der Axelios-I-Technologie bioinformatisch mit aufzubauen und in eine klinisch relevante, automatisierte Multi-Omics-Pipeline zu integrieren. Gesucht wird keine reine Service-Bioinformatik, sondern eine Person, die neue Sequenziertechnologien, reproduzierbare Datenanalyse und klinisch-translationale Fragestellungen auf höchstem Niveau zusammenbringt.

Die Rolle ist eng eingebettet in das BIH/Charité-Ökosystem und bietet vielfältige Kooperationsmöglichkeiten mit Humangenetik, Pathologie, onkologischen Kliniken, Core Unit Bioinformatik, IT, Imaging, Proteomik und weiteren translationalen Partnern. Zusätzlich besteht eine enge Zusammenarbeit mit Industriepartnern im Bereich Sequenzierung, Automatisierung, Datenanalyse und klinische Translation.

Das erwartet Sie

Bioinformatischer Aufbau, Betrieb und Weiterentwicklung der Axelios-I-Sequencing-Plattform innerhalb der Spatial Diagnostics Platform, einschließlich standardisierter Prozessierung, Qualitätskontrolle und Ergebnisaufbereitung.

Etablierung und Betrieb reproduzierbarer Prozessierungspipelines für Whole-Genome-Sequenzierungsdaten auf Basis von SbX und etablierten Sequenzierverfahren - von Rohdaten bzw. ungemappten Sequenzdaten über Alignment, Variant Calling und Variantenannotation bis zur strukturierten Ergebnisübergabe.

Analyse von NGS-Daten für Forschung und kliniknahe Anwendungen in Humangenetik und Onkogenetik, insbesondere WGS, FFPE-Proben, Liquid Biopsies, Methylierungsdaten, strukturelle Varianten, Mosaik-Erkrankungen und Varianten niedriger Allelfrequenz.

Entwicklung, Automatisierung und Validierung von Workflows für Daten-QC, Alignment, Variant Calling, Annotation, Datenexport, Reporting und Reanalyse fehlerhafter Proben; aktive Beteiligung an Ursachenanalyse und kontinuierlicher Prozessverbesserung.

Definition, Implementierung und Monitoring von Qualitätsmetriken für Sequenzierdaten und Variantenanalysen, einschließlich Probenidentität, Datenqualität, Abdeckung, Artefakterkennung, Nachvollziehbarkeit und Dokumentation.

Integration genomischer Daten mit klinischen, histopathologischen und räumlichen Multi-Omics-Daten zur Etablierung von spatially guided sequencing und multimodaler Entscheidungsunterstützung.

Organisation und Absicherung von Datenflüssen zwischen Plattform, Datenmanagementsystemen, Kollaborationspartnern und zentralen Analyse-/Rechenstrukturen; Automatisierung von Datenimport, Export, Archivierung und Prüfberichten.

Enge Zusammenarbeit mit Partnern innerhalb des BIH/Charité-Ökosystems sowie mit Industriepartnern in den Bereichen Sequenzierung, Workflow-Integration, Automatisierung, Benchmarking und translationale Validierung.

Wissenschaftliche Weiterentwicklung der Plattform, einschließlich Mitarbeit an Publikationen, Drittmittelprojekten, nationalen und internationalen Kooperationen sowie Betreuung von Studierenden, Promovierenden oder Gastwissenschaftlerinnen.

Das bringen Sie mit

Sehr gut abgeschlossenes wissenschaftliches Hochschulstudium (Master oder vergleichbar) in Bioinformatik, Computational Biology, Genomik, Medizininformatik, Data Science oder einer verwandten Fachrichtung; eine Promotion ist von Vorteil.

Mehrjährige Erfahrung in der Analyse von NGS-Daten, idealerweise in Bereich WGS einschließlich struktureller Varianten, onkologischer Genomik, Humangenetik, Liquid Biopsy, FFPE, Methylierung, Low-Allele-Frequency-Analysen.

Erforderlich ist ein fundiertes, praktisches Verständnis der Sequenzdatenverarbeitung und -analyse, insbesondere Rohdaten-QC, Alignment, Variant Calling, Annotation, Coverage/Uniformity, Probenidentität, Artefakt-/Fehlerquellen, Reanalyse und Berichtsvorbereitung.

Wünschenswert sind nachgewiesene Erfahrungen mit reproduzierbarer Datenanalyse, Workflow-Management und Tool-Orchestrierung (z.B. auf Basis von Nextflow oder Snakemake). Ebenfalls erwünscht sind gute Kenntnisse in Validierung, Qualitätskontrolle und Datenmanagement.

Erforderlich sind sehr gute Programmierkenntnisse u.a. in Python und Bash sowie gute Kenntnisse in R für statistische Auswertungen, Visualisierung und explorative Datenanalyse. Erwartet werden zudem Erfahrung im Umgang mit Versionsverwaltungstools (z. B. Git), eine sorgfältige, nachvollziehbare Dokumentation, die Beteiligung an Code‑Reviews sowie die Entwicklung und Pflege getesteter, wartbarer Analyse‑Workflows.

Wünschenswert sind fundierte Erfahrungen im Umgang mit Linux-basierten Systemen sowie mit HPC‑ bzw. Cluster‑Umgebungen und der Parallelisierung von Jobs, z. B. unter Verwendung von SLURM. Von Vorteil ist zudem Erfahrung mit Containerisierungstechnologien (z. B. Docker, Singularity/Apptainer)

Erfahrung mit beschleunigten Genomics‑Stacks oder kliniknahen Analyseumgebungen (z. B. DRAGEN, Parabricks oder vergleichbare Systeme) ist ein Plus, aber keine Voraussetzung

Ausgeprägtes Interesse an neuen Sequenziertechnologien, insbesondere SbX/Axelios I, und die Fähigkeit, neue Technologien schnell in robuste, skalierbare und dokumentierte Workflows zu übersetzen.

Hohes Qualitätsbewusstsein, Eigenständigkeit, strukturierte Arbeitsweise und Freude daran, komplexe klinisch-wissenschaftliche Fragestellungen in verlässliche Datenprozesse zu überführen.

Sehr gute Kommunikationsfähigkeit in Deutsch und Englisch sowie Freude an interdisziplinärer Zusammenarbeit mit Klinik, Labor, Bioinformatik, IT, Pathologie, Imaging, Multi-Omics-Teams, Industriepartnern und wissenschaftlichen Kooperationspartnern.

Das bieten wir Ihnen

Eine außergewöhnliche Schlüsselrolle beim Aufbau einer neuen, international sichtbaren Spatial-Diagnostics-Infrastruktur am BIH und der Charité.

Arbeit an einer der ersten universitätsmedizinischen Installationen der Axelios-I-Technologie und die Möglichkeit, deren bioinformatische Nutzung von Beginn an mitzugestalten.

Cutting-edge Forschung und Entwicklung an der Schnittstelle von Genomik, 3D-Histopathologie, Multi-Omics, KI, Automatisierung und klinischer Translation.

Vielfältige Kooperationsmöglichkeiten innerhalb des BIH/Charité-Ökosystems sowie enge Zusammenarbeit mit führenden Industriepartnern.

Klinisch relevante Use Cases in Onkologie, Humangenetik, Pathologie, Dermatologie und verwandten Bereichen, mit direkter Anbindung an translationale Forschung und perspektivisch patientennahe Diagnostik.

Entgeltgruppe E14 TVöD VKA-K. Die Eingruppierung erfolgt unter Berücksichtigung der Qualifikation, die jeweilige Erfahrungsstufe errechnet sich aus der Berufserfahrung. Das Jahresgehalt (brutto) ist für eine Vollzeitstelle ohne Sonder- oder Zusatzzahlungen angegeben. .

Zusätzliche im öffentlichen Dienst übliche Leistungen (u.a. Jahressonderzahlung, betriebliche Altersvorsorge (VBL), vermögenswirksame Leistungen).

Flexible Arbeitszeiten und Möglichkeit des mobilen Arbeitens

30 Urlaubstage pro Jahr (bei einer Fünf-Tage-Woche).

Diverse Unterstützungsangebote um Berufsleben, Freizeit und Familie zu vereinbaren (Kinderbetreuung, Kooperation mit voiio).

Fort- und Weiterbildungsmöglichkeiten.

Mobiles Bürgeramt vor Ort.

Corporate Benefits (Reisen, Freizeit, Shopping uvm.), Wellhub, JobRad,

Sehr gut erreichbarer und attraktiver Arbeitsplatz am Rahel Hirsch Center for Translational Medicine, Luisenstr. 65, 10117 Berlin sowie am Campus Virchow-Klinikum, Augustenburger Platz 1, 13353 Berlin.

Wir leben Vielfalt!

Wir freuen uns über Bewerbungen von Menschen mit vielfältigen Hintergründen, unabhängig von Geschlecht, Nationalität, ethnischer und sozialer Herkunft, Religion und Weltanschauung, Behinderung, Alter sowie sexueller Orientierung und Identität. Bewerbungen von Frauen sind ausdrücklich erwünscht. Schwerbehinderte und diesen gleichgestellte Bewerber*innen werden bei gleicher Qualifikation und Eignung besonders berücksichtigt.

Wir sind davon überzeugt, dass vielfältige Teams, die ein breites Spektrum an Erfahrungen, Perspektiven und Hintergründen repräsentieren, unsere Forschung und Arbeit bereichern.

Bitte reichen Sie Ihre aussagekräftige Bewerbung über unser Online-Bewerbungsformular mit Motivationsschreiben, Lebenslauf (ohne Foto, ohne Altersangabe und ohne Informationen über Ihren Familienstand) und weitere relevante Anlagen (wie Arbeitgeberzeugnisse, Abschlusszeugnisse etc.) ein.

Hinweis: Haben Sie einen ausländischen Abschluss, reichen Sie bitte einen Nachweis über die Anerkennung Ihres Abschlusses in Deutschland mit der Bewerbung ein. Der Nachweis kann über die Datenbank anabin ermittelt werden. Wir weisen auf die eventuelle Notwendigkeit der Ausstellung einer Zeugnisbewertung der ZAB hin. Mehr Informationen finden Sie hier.

Einstellungsvoraussetzung für nach 1970 Geborene ist der Nachweis der Masernimmunität / Masernschutzimpfung.

Nähere Informationen zum BIH finden Sie hier.

Bewerbung

An der Charité sind alle willkommen, unabhängig von Alter, Religion, Geschlecht, geschlechtlicher Identität, sexueller Orientierung, Nationalität, Behinderung, ethnischer oder sozialer Herkunft. Hier zählt jeder Mensch! Wir setzen uns für Chancengleichheit und Inklusion ein.

Aus Datenschutzgründen nehmen wir Bewerbungen ausschließlich über unser Bewerbungsportal entgegen. Der unten angegebene Kontakt steht ausschließlich für Rückfragen zur Verfügung.

Ansprechperson

Für fachliche Rückfragen zur Stellenausschreibung steht Ihnen Dr. Dr. René Hägerling (rene.hägerling@bih-charite.de sowie Dr. Oliver Klein (E-Mail: oliver.klein@bih-charite.de) gerne zur Verfügung.

Fragen rund um den Bewerbungsprozess richten Sie gerne per E-Mail an Denise Bornschein (jobs@bih-charite.de).

Vorteile und Leistungen

Faire Löhne und Arbeitskonditionen

An der Charité erwarten dich Tarifverträge mit fairem Gehalt, vielfältigen Zusatzleistungen und 30 Tagen Urlaub.

Interdisziplinäres Arbeiten

Wir kooperieren mit anderen Kliniken weltweit und arbeiten auch im Alltag interdisziplinär zusammen. Unsere Arbeit ist geprägt von einem kontinuierlichen Austausch untereinander.

Stimulierendes Arbeitsumfeld

An der Charité arbeiten herausragende Kolleginnen und Kollegen. Ein optimales Umfeld für die eigene Weiterentwicklung.